Automobilselskab fik fodfæste i oplandet og klarede sig godt.  

Imidlertid satte 2. verdenskrig en stopper for videre fremgang. Efter besættelsen kom der igen gang i hjulene, og selskabet havde kronede dage i slutningen af 1940’erne og først i 1950’erne, hvor privatbilismen endnu ikke var kommet i gang. Rutebilstationen i den gamle amtsbanegård blev utidssvarende og lå samtidig i vejen for en vejudvidelse. Derfor blev den erstattet af en ny moderne rutebilstation i 1965. Op gennem 1960’erne faldt passagertallet som følge af privatbilernes udbredelse. Rutenettet blev justeret, og der blev løbende anskaffet nyt materiel.  

I begyndelse af 1970’erne var økonomien anstrengt, og skulle der fortsat være mulighed for at tage bussen, ville det betyde offentlige tilskud til buskørsel. Det affødte et nyt trafiksystem, som gik under navnet Sønderjyllands Trafik (ST). Det fik sin debut i 1977. I princippet blev Aabenraa Automobilselskab nu et selskab, der leverede buskørsel til Sønderjyllands Trafik efter givne retningslinjer.

Fra 1980’erne blev selskabets økonomi stabiliseret, og i 1990’erne begyndte Sydbus, som var det nye navn for Sønderjyllands Trafik,  at udlicitere kørslen. Konkurrencen blandt busselskaberne, der udførte kørslen, blev markant forøget. Aabenraa Automobilselskab overvejede situationen og endte med at sælge sine kørselskontrakter, busser m.v. til DSB fra 1. juni 1997. Aabenraa Automobilselskab fortsatte herefter som et rent ejendomsselskab indtil 2008, hvor det solgte grund og bygninger til et selskab, der ville udvikle og nybygge på grunden i Aabenraa. Herefter blev selskabet afviklet.