Den hærdede efterretningschef Conner MacLeod befinder sig i en ny og uvant situation, som kræver nye tiltag, og det hurtigst muligt. 

Irene ‘Adler’ Stevenson, en ung MIT-professor, bliver fanget i denne højteknologiske og esoteriske verdenskrig mellem de to store, ukendte magter. Hun får ikke kun brug for sine evner som computerprogrammør og hacker, men også evnen til at forstå det menneskelige sind og ydermere, hvad der kunne kaldes det kunstige sind. 

I en labyrint af avanceret teknologi, mystiske algoritmer, kryptiske budskaber fra en svunden tid, samt glemt historie og urgammel biologi, væves det hele sammen og udfordrer alt, vi troede, vi vidste om vores verden, og tager os længere tilbage end det moderne menneske selv. 

Tiden er knap, og truslen omslutter MacLeod, Ms. Stevenson og deres lille team som en mørk skygge, der intensiveres dag for dag. 

Med fjenden i hælene kæmper de en desperat kamp for at løse mysteriet og holde sig i live, mens den stadig ukendte Mr. Carter truer med at bringe verden i knæ.