i dette auditorium,Thomas Bartholin påviste lymfekarrene - en opdagelse, der gjorde ham og Anatomihuset kendt i hele det lærde Europa. I årene 1672-74 kastede Niels Stensen ny glans over Anatomihuset, da han med titel af kongelig anatom afholdt forelæsninger og øvelser i det anatomiske teater.Her holdt han i januar 1673 sin berømte indledningsforelæsning til de anatomiske demonstrationer over et kvindelig. Han betragtede anatomens undersøgelse af menneskelegemet som en vej til dybere erkendelse af Guds skaberværk - og dermed til Gud.

På første sal i Anatomihuset havde Københavns Universitet indrettet et naturhistorisk museum. Her kunne de besøgende bl.a. betragte et ribben fra en havfrue, en myresluger, et enhjørningshorn, skelettet af et 8 dage gammelt barn eller forhuden fra en jødisk dreng.

Thomas Bartholin udgav i 1662 en lille bog om Anatomihusets indretning og aktiviteter. Han skrev den på latin, og den bringes her sammen med en dansk oversættelse og en udførlig kommentar.

En efterskrift til udgaven fortæller, hvordan det anatomiske teater opstod og udviklede sig i renæssancens Norditalien,hvor dissektioner tillige blev en del af karnevalsløjerne i Bologna.Med den moderne videnskabs frembrud blev der efterhånden indrettet anatomiske teatre i de fleste europæiske lande, og i 1644 fik København sit Anatomihus.