Profeten Muhammed dør uden at have udnævnt en efterfølger, og den unge religion islam bliver kastet ud i en krise. ”Arven efter Muhammed” er anden del af fortællingen om Aisha bint Abu Bakr, der var Muhammeds yndlingshustru. I denne roman slås hun for at videreføre Muhammeds vision for islam i en blodig kamp mod ærkerivalen Ali ibn Abi Talib, der både var Muhameds fætter, svigersøn og en af hans nærmeste rådgivere, og som efter hans død har ambitioner om at blive kalif. Historien fortælles skiftevis fra Aishas og Alis synspunkt, så læseren får et godt indblik i begivenhederne set fra begge lejre i den intense kamp, der ender med at splitte islam i to retninger: sunni og shia.