I december 1863 blev Christian Carl Frederik genindkaldt til krigstjeneste og indgik i 3. Infanteri Regiment, hvor han deltog i forsvaret af Dannevirkestillingen ved Mysunde i tilbagegangen og i forsvaret af Dybbølstillingen. I kampen på Als den 29. juni 1864 blev han blev hårdt såret, taget til fange og ført til Flensborg, hvor han blev amputeret på højre ben. Han vendte hjem fra krigen i maj måned 1865 med store ar på krop og sjæl, men fik dog en rimelig tilværelse som skomager.