Byerne står forladte, grænserne er opløste og kampen efter magt er større end nogensinde før. Det er svært at flytte sine brikker taktisk i et spil uden regler. Endnu sværere er det at flygte, når fjenderne er over alt, og der ikke findes en målstreg. Cotes har længe søgt efter en mening med det hele, men da han pludselig får en mission, er han ikke længere sikker på, at han kan klare det. For at overleve må han give sin eneste ven fra sig. Værre bliver det, da han udvikler uventede følelser for hende, og han må træffe et valg. Codex 0 er historien om to unge efter jordens undergang i en verden hvor alle love er ophævet.