hun bliver tvunget til at konfrontere de mørkeste sider af sig selv, såvel som de rædselsvækkende uhyrer og ånder, der bor i de verdener, hun må rejse igennem. Kun hvis hun formår at mestre den sidste og farligste bogs kræfter, vil hun, Kate og Michael kunne redde verden fra en altødelæggende krig.

Selve det stof, tiden er gjort af, falder fra hinanden, da Emma tager ud på sin søgen efter en afslutning – god eller dårlig – på det episke eventyr, hun, hendes forældre og hendes søskende er blevet hvirvlet ind i.

"Den kulsorte protokol" er tredje og sidste del af trilogien "Bøger fra Begyndelsen".