Ninja-aspiranten Naruto har mest pjat og ballade i hovedet, når han ikke lige dovner eller mæsker sig med sin yndlingsret, nudelsuppe med fiskekage. Ingen kan derfor tage det alvorligt, at den 12-årige dreng går og drømmer om at blive verdens bedste ninja! Naruto har imidlertid langt mere at byde på, end han selv og hans omgivelser er klar over.  

Sammen med sine klassekammerater, den kloge og dygtige Sasuke og den søde ninjapige Sakura, går Naruto på ninjaskole og kommer i lære som genin – ninja af laveste rang. Deres lærer er overninjaen Kakashi senhei, som udfordrer dem med en række hårde prøver, og det bliver bestemt ingen dans på roser, men Naruto lærer, at man ikke bare skal give op.