Den 14. maj 2007 skyder og dræber Jakob Bruun Larsen en iraker, da danske soldater falder i det hidtil værste baghold ved Basra. Jakobs ven, Henrik Nøbbe, bliver dræbt. Få måneder senere er Jakob blandt de sidste danske landsoldater, som forlader Irak.

I Du må ikke slå ihjel taler den unge soldat med sognepræst Flemming Pless om at miste og om at slå ihjel, og mange af livets store spørgsmål tages op: Er det nogensinde i orden at tage et andet menneskes liv? Kan man leve med det? Er nogen sag værd at dø for? Hvorfor vælger danske kvinder og mænd frivilligt at drage i krig? Hvordan kommer man videre efter tabet af en kammerat, kollega eller søn?

Det, der starter som en sjælesørgersamtale, bliver til en snak mellem to personligheder med stærke meninger, og både soldaten og præsten bliver udfordret på deres holdninger