Hanna Svenssonk har et forlist ægteskab bag sig, da hun møder Peter. I begyndelsen er han yderst charmerende og opmærksom, men efterhånden ændrer han fuldstændig karakter: Han begynder at drikke, er lystløgner, aggressiv og manipulerende.
Alligevel får de sønnen Lukas, som Peter ignorer totalt - indtil Hanna beder om skilsmisse. Da stiller Peter sig på bagbenene og kræver som hævn at have Lukas hver anden uge.
Men efter hvert besøg hos sin far er Lukas som forandret og nægter at besøge ham igen. Hanna fortæller de sociale myndigheder om sine bekymringer, men bliver affærdiget. Da hun får mistanke om, at Lukas udsættes for seksuelt misbrug, afviser myndighederne igen at gribe ind, og politiet kræver flere beviser, før de kan gå ind i sagen.
En grusom hemmelighed er den skræmmende historie om en mors kamp for at beskytte sit barn uden støtte fra et uforstående og bureaukratisk system.