Et Danmark i splid med sig selv handler om den tyske besættelse og den allierede befrielse af Holbæk Amt 1940-45. Samarbejdet med Hitlers Tyskland blev forhandlet på plads af regeringer i København og Berlin og bestemte levevilkårene og handlemulighederne i Holbæk Amt.
Holbæk Kaserne husede en stor del af den danske hær, og Isefjorden var kravlegård for den danske flåde. Beslutninger truffet i landets centrum splittede danskerne i Holbæk Amt, som måtte vælge mellem en lovlydig tilværelse i ro og orden eller gå i krig på tysk side som østfrontfrivillige eller gå til modstand for at smide tyskerne ud af landet. 
På grundlag af et righoldigt kildemateriale i private og offentlige arkiver og interviews med aktivister og aktivisters børn undersøges et geografisk udsnit af Danmark. Bogen belyser hele spektret af begivenheder: hverdagsliv, hær og politi, Frikorps Danmark, Schalburgkorps og Hipo, jødeaktion og holocaust, modstandsbevægelse, sabotageaktioner, våbenmodtagelser og likvideringer og retsopgør. 
Et Danmark i splid med sig selv skildrer de fem forbandede år ikke på det snævre nationale niveau, der begrænser sig til det to-sidede forhold mellem den tyske stormagt og den danske småstat. Perioden anskues i det større internationale perspektiv, hvor det personlige, der for almindelige mennesker uden politisk indflydelse udspilles lokalt, solidariserer sig aktivt med de værdier, de tror på.