Fanø er historien om to mennesker, et par, i et sommerhus på Fanø. De er vendt tilbage for at komme videre og starte forfra efter en ulykke tre år tidligere, hvor de mistede deres barn. Nu sidder de igen i sommerhuset, langt fra andre huse, med udsigt over vandet.

Et andet sted på øen står en fastboer fra Fanø på en bunker vendt mod Danmark – han er en ægte fannik. Han hader danskere, frem for alt turister og tilflyttere, og har derfor truffet en beslutning. Han vil fjerne ukrudtet og gøre Fanø til en ø for fannikker. Koste hvad det vil!
Men en morgen ser han en smuk kvinde. Hun er bestemt ikke fra øen, og fra den dag forvandles han og må strejfe søvnløs rundt i klitterne med en kikkert.

I dramatiske tableauer og effektfulde spring i tid tilspidses handlingen, og de to verdener kolliderer med hinanden. Parret må se deres historie og virkelighed i øjnene. Måske har der aldrig været et barn? Og måske gemmer de på en langt mere grusom sandhed om deres forhold?