Den lille klovnefisk Nemo bor alene sammen med sin far, Marlin. Hans mor blev spist af en stor barracuda, da Nemo kun var et æg.

Nemo skal begynde i fiskeskolen, og Marlin er meget bange for, at der skal ske noget med ham. Det gør der også! Nemo bliver nemlig fanget af en dykker, ført tværs over havet...