Undervejs i sin søgen efter en søster, han ikke vidste eksisterede, finder professor Hans Rekke sin fars dagbog.

Rekke husker sin far som hård og kold. Men i dagbogen dukker en mand i alvorlig krise op, et menneske nedbrudt af dyb skyld følelse. Har faderen begået en forbrydelse – måske endda et mord?

Rekke begynder at lede i fortiden, uvidende om at hans ukendte søstergraver i selvsamme historie – med samme skarpsindighed som Rekke selv. Vil søskendeparret forenes i jagten eller møde hinanden som fjender?

Samtidig fanges Rekkes partner, Micaela Vargas, i en fælde sat af hendes kriminelle bror. Lucas vil have hævn for, at Micaela forsøgte at arrestere ham, og denne gang ser det ud til at lykkes ham. Micaela er nu i overhængende fare for at mistebåde sin stilling i politiet og sin ære.

Fra det dybe råber jeg er en fortælling om, hvordan svigt og løgne kan berøre mennesker og er David Lagercrantz' hidtil mest personlige roman.