Elric-brødrene overtræder forbuddet mod menneskelig forædling i et forgæves forsøg på at genoplive deres mor. Men de må betale en høj pris: Det koster Edward hans venstre ben og Alphonse hele hans krop.

Elric-brødrene har gjort en rystende opdagelse: Amestris’ præsident, King Bradley, er i virkeligheden en

homunculus – et kunstigt menneske, frembragt af de vises sten. Men at det er militæret, der har givet ham

hans fremtrædende position er om muligt endnu mere skræmmende. Den mystiske ”far”, Bradleys skaber, har sine egne skumle grunde til at holde Elric-brødrene i live. Samtidig har Lin i sin søgen efter udødelighedens gåde overladt sit legeme til Grisk, den frafaldne homunculus.