Der bliver sat en brat stopper for Elric-brødrenes søgen efter de vises sten, da den grusomme sandhed om stenen og regeringens delagtighed i frembringelsen af den kommer for en dag. Edward, Alphonse og oberst Roy Mustang bliver afpresset af deres fjender til at holde tand for tunge og kan ikke stille noget op med deres eksplosive viden. Mens de forsøger at finde sig til rette med den situation, sætter Riza Hawkeye Ed ind i, hvilke uhyrligheder der fandt sted under borgerkrigen, fordi de amestrianske soldater parerede ordre i stedet for at lytte til deres hjerter.