Godfathers hævn er historien om de ´tabte år´ i Corleone-sagaen: 1963 til 1978. Den magtfulde Corleone-familie klarer sig bedre end nogen sinde. Det er lykkedes Michael Corleone at sætte sine rivaler ud af spillet, og hans forsøg på at gøre Familiens virksomhed lovlig har tilsyneladende båret frugt.

Uden for det svært bevogtede familiefort venter en sand parade af mennesker på at bede Michalel Corleone om hjælp. Blandt dem er tidligere rivaler, et sendebud fra New Yorks borgmester - og endda gamle kendinge som Jonny Fontane.

Fortidens spøgelser hjemsøger mafiabossen. Michael Corleone. Han plages af samvittighedskvaler over broderens død, og samtidig har den forsmåede Corleone-hitman, Nick Geraci, meldt sig på banen med ønsket om hævn over Familien. Bekymringerne tager dog en helt anden drejning, da der kommer forlydender om mordplaner mod Jimmy Shea, USA´s præsident og Michael Corleones personlige ven.