Kristen på en ny måde, men sagtens kan læses selvstændigt. Hvor den første bog stillede en række grundlæggende spørgsmål ved den måde, vi er kristne og kirke på i dag, er Historien vi finder os selv i mere en udfoldelse af, hvordan man kan være kristen og kirke på en ny måde, i en ny tid.

Efter sine forældres død har gymnasielæreren Neo sagt sit job op og er taget på jordomrejse. På Galapagos-øerne får han arbejde som turistguide og møder her den australske biolog, Kerry, der arbejder for at hindre udryddelsen af øernes skildpadder. Kerry forkastede som ung den kristne tro, da hun blev stillet over for valget mellem kristendommen og evolutionsteorien. Nu introducerer Neo hende for kristendommen på ny en måde, som historien, vi finder os selv i. Dramatiske begivenheder resulterer i, at Kerry også møder Neos gode venner, præstefamilien Carol og Dan Poole.