Deres by er under angreb, og Naruto, Sakura og Skikamaru er ikke i stand til at forsvare den. De er nødt til at koncentrere sig om at finde Sasuke og sand-chuninen.

Men med ni blodtørstige ninjaer i hælene bliver jægerne hurtigt de jagede! I byen er den tredje Hokage stadig fanget af Orochimaru,og øjeblikket er kommet, hvor han må beslutte sig for, hvor langt han vil går for at redde det, der virkelig betyder noget for ham. 

Naruto stræber efter at blive alle tiders største ninja! Kan han vække den hemmelige kraft, der er forseglet i ham?