Da han står ansigt til ansigt med sin ultimative nemesis, forstår Naruto, at den sande Pain har flere hemmeligheder, end han i sin vildeste fantasi kunne forestille sig. Konsekvenserne af fortidens tumultagtige politik står nu lysende klare, og uventede begivenheder får en ny ninja til at indtage magten i Konoha. Den nye leders første handling kommer til at forandre Narutos liv for altid …