Filosoffen Rasmus Nielsen lancerer i 1871 sine tanker om en ny præsteskole. Han opstiller en skarp modsætning mellem den kristne tro og den gængse akademiske teologi: ’Eet af To: enten maa Menigheden stille sig paa Theologiens Standpunkt, og da ophører den at være Menighed, eller Kandidaten maa stille sig paa Menighedens Standpunkt, og sige Farvel til Teologien’. Det teologiske Fakultet er ude af stand til at afhjælpe konflikten mellem troen og teologien, og han forudsiger Det teologiske Fakultets snarlige undergang. Den nye præsteskole vil ifølge Rasmus Nielsen derimod ikke udelukke videnskaben, men videnskaben og menigheden skal vel at mærke have samme grundlag. Kun således kan de studerende blive uddannet til en gerning som præst i den kristne menighed.