Pain, den kriminelle ninja-organisation Akatsukis gådefulde leder, og hans kvindelige rejsekammerat Konan er på jagt efter Narutos gamle læremester, Jiraiya. Jiraiya er nemlig trængt ind i det afsondrede land Amegakure - og han og Pain kender hinanden fra gamle dage. Men Pain har fuldstændig forandret sig siden deres ungdom, og nu kan det vise sig, at Jiraiyas fortid har dødbringende konsekvenser for nutiden!