Året er 1596. Tyge Brahe arbejder flittigt på Hven, men mærker langsomt, at jorden brænder under ham. Han mister flere af sine privilegier - og da han er gæst ved Christian IV´s kroning, går det op for ham, at han er faldet i unåde.

Men hvorfor? Er grunden hans hensynsløse optræden, de mange kemiske eksperimenter, kærligheden til præstedatteren Kirsten eller hans ´blasfemiske´ holdninger? Tyge ved det ikke med sikkerhed, men året efter tvinges han til at forlade Danmark.

Jupiters time er en tankevækkende roman om mennesket og mystikeren Tyge Brahe, om et genis kamp for anerkendelse og et lands vanskelighed ved at acceptere en anderledes tænkende.