Han flyttede til København og senere til udlandet, men vendte hjem til fødebyen som kendt forfatter af store rejseberetninger, digte og særligt helgenbiografier. Johannes Jørgensen konverterede til katolicismen og er især i Italien kendt for sin biografi om Frans af Assisi. I sin samtid var Jørgensen anerkendt som digter og symbolist ligesom hans samtidige Viggo Stuckenberg og Sophus Claussen, mens det kom til store offentlige konfrontationer mellem Claussen og Jørgensen i diskussionen af, hvad symbolismen er og rummer. Jørgensens religiøse etos kom på tværs af Claussens poetik. Et hovedtema i katolske Jørgensens omfattende forfatterskab er menneskets splittelse mellem kønsdriften og higen efter Gud og evigheden.