Pain, der betragtes som en gud i Amegakure, er i virkeligheden ikke én, men seks krigere med rinnegan. Det går op for Jiraiya, at hans gamle elev Yahiko er en af dem. Men er det virkelig Pains eneste hemmelighed? I mellemtiden finder Sasuke frem til Itachi – og en voldsom kamp mellem de to Uchiha-brødre...