Da direktøren for Europas største Tesla-fabrik bortføres og myrdes, peger sporene mod Danmark. Sagen lander hos Forsvarets Efterretningstjeneste, hvor det bliver analytikeren Daniel Hartmanns opgave at finde ud af, hvad den amerikanske drabsmand foretog sig i Danmark i dagene efter mordet. Med hjælp fra føringsofficer Maja Birk, netop hjemvendt fra en dramatisk operation i Congo, og den operative chef Gregers Schmidt sætter Daniel sig for minutiøst at kortlægge amerikanerens færden og forbindelser. Jagten på drabsmandens relation til Danmark bliver startskuddet til en chokerende og farefuld rejse ind i et større komplot, der har tråde til både den danske ambassadør i Rwanda, den frygtede russiske lejehær Wagner og en succesfuld nordjysk forretningsmand, hvis grønne profil har gjort ham til en darling hos danske politikere.

Mørket under Kigali er en højaktuel spionthriller om hybridkrig, påvirkningsoperationer og dobbeltspil i en verden, hvor ingen er, hvem de giver sig ud for – og om de mennesker, der kæmper for at beskytte Danmark i en tid, hvor det bliver stadig sværere at skelne ven fra fjende.