Naruto vender efter to års hård træning hos Jiraiya tilbage til Konohagakure. Han har ikke blot selv forandret sig, alle hans venner er også blevet chuniner. Men nye problemer lader ikke vente længe på sig, for de allierede ninjaer fra Sunagakure bliver angrebet af organisationen Akatsuki, og Naruto og hans venner må forsøge at komme til hjælp ...