ene rytter er en mægtig herremand fra Salling. Han er kommet for at aflevere sin søn i munkenes varetægt. Selv rejser han verden rundt og kan ikke have et barn med. Og det sidste hans kone ønskede, inden hun døde, var, at drengen skulle vokse op blandt viden og lærdom hos munkene på Dueholm. Den tredje rytter er med som vidne.
De tre rejsende bliver modtaget på klosteret af munken Pater Bernt. Parterne indgår en kontrakt, som viser sig at blive skæbnesvanger for dem alle, og vidnet forlader rasende klosteret i hidsig galop.
Pater Bernts hemmelighed er en spændende historie om intriger, komplotter og traumer fra fortiden, som fortsat spøger.