Pave Johanne bygger på den - måske - autentiske historie om pave Johannes, der omkring år 850 regerede den katolske kirke i to år og syv måneder.
Historien om pave Johannes er siden gået hen og blevet en legende, for var pave Johannes i virkeligheden en kvinde?

I 814 får præsten i Ingelheim til sin store fortrydelse en datter, Johanne. Hun viser sig at være en højt begavet pige, og kun meget modvilligt sender faderen hende i skole.

Da vikingerne nogle år senere hærgende drager gennem Europa, bliver Johannes bror dræbt, og forklædt som ham, lader hun sig optage i benedikterordenen. Her værdsætter man den unge mands store evner, og Johanne bliver munk, læge og præst.
Johanne stiger i graderne og ender i Rom med at blive valgt som pave Johannes.

Men prisen for dette bedrag bliver hurtig for høj, og Johanne får svært ved at benægte sin kvindelighed, og en dag må hun vælge mellem kærlighed og karriere.