Bogens hovedperson Janus Larsen, der er souschef i kriminalpolitiet, tror ikke på, at hans chef, Jan Helmer Larsen, er den skyldige. Han opdager en forbindelse mellem chefen og en bosnisk jazzmusiker med en blå ørering, der muligvis er identisk med en mand, der er anklaget for krigsforbrydelser.

Jan Helmer Larsen bliver myrdet på klinikken, hvor den autistiske kvinde Bea opholder sig. Bea kender manden med den blå ørering, men det gør ledende folk fra PET og politiet også. Et bombeattentat mod Parken i København begået af muslimske terrorister forhindres i sidste øjeblik. PET tager æren, men hvem står egentlig bag?

Politiets betændte øje handler om kriminalitet, moral, etik, magt og politik. Den foregår på en politigård uden for København i 2006. Det er i tiden efter Muhammedkrisen. Politikerne indfører en ny terrorlovgivning, der giver yderligere beføjelser til PET og åbner mulighed for udemokratiske tiltag. Samtidig venter en politikredsreform lige om hjørnet.