fra PET sættes til at finde gerningsmændene. Efterforskningen fører dem på sporet af en formodet terrorcelle i et socialt boligbyggeri på den københavnske vestegn. Her bor også tidligere vicekriminalkommissær Katrine Bergman. Hun er suspenderet fra sin stilling efter hun har banket en anholdt pædofil drabsmand. På grund af sine kvalifikationer, og fordi hun kan færdes uhindret i kvarteret, ansættes hun som civil agent til at overvåge de mistænkte.
Efterforskningen afslører, at gruppen forbereder et terrorangreb i Danmark og under en storstilet politiaktion anholdes de mistænkte. Aktionen får ikke blot personlige konsekvenser for Nikolaj, men også for Katrine, der ikke længere kan føle sig sikker i sit eget nabolag.

Som i de to første bøger er temaet det menneskelige ansigt i forbrydelsen: Hvordan en tragisk sag sætter sine spor hos såvel ofrene som hos gerningsmændene. Hvordan moral og etik hurtigt bliver flydende størrelser for dem, der sætter alt ind på at opklare sagen.

""Protokollen" er noget så sjældent som en vedkommende thriller om terror i Danmark."
- Politiken

"Michael Katz Krefeldt fanger spændingerne i dagens Danmark i en rigtig god thriller af internationalt snit."
- Information