Kommandanten er en stærk og magtfuld krigsherre i Afghanistans barske Hindukush-bjerge. Hans førstefødte skal være en søn. Det siger traditionen. Men da kommandantens søn bliver født, er det en pige. Samira. Kommandanten ved godt, hvad han må gøre. Piger lader man ikke leve.I nattens mørke overvælder følelserne imidlertid kommandanten, og han beslutter sig for at lade, som om han har fået sin søn. Det fortæller han til de andre mænd. Så Samira vokser op som Samir, og i mændenes selskab lærer hun at ride, spytte, skyde, dræbe. Men hvor længe kan hun holde på sin store hemmelighed?

Samira & Samir er den anden bog af Siba Shakib, forfatteren til bestselleren Gud kommer kun til Afghanistan for at græde. Siba Shakib har som dokumentarfilmskaber rejst i Afghanistan, og med sin særlige stemme og indsigt fortæller hun om kvinderne i et land i krig.