Ved at følge efter personen opnår Mia også en pause fra sin nystartede familie, som hun ikke kan finde sig til rette i. Men jagten på svar kan også ende med at koste hende sit ægteskab og sin relation til sin lille datter, Line. Samtidig finder Mia ud af, at hun selv bliver forfulgt, og hvis hun fortsætter sin søgen, vil konsekvenserne blive fatale.

”Skyggen af min onkel Joost” handler om, hvordan nedarvede, undertrykkende mekanismer i familier kan forfølge og forkvakle én, hvis man ikke gør op med dem. Den handler om kærlighed, homoseksualitet og det vanskelige forældreskab – og den er inspireret af en virkelig historie.