Davis Moores elskede teenagedatter bliver brutalt voldtaget og myrdet. Forbrydelsen bliver aldrig opklaret, men Davis Moore får kendskab til, at der er DNA-spor efter voldsmanden på datterens tøj. Det sætter ham i et umenneskeligt moralsk dilemma: Som læge med speciale i kloningsteknikker er muligheden for at skabe et barn fra morderens DNA snublende nær.

Justin vokser op som alle andre drenge, intetanende at han er sat i verden for at afsløre en morders ansigt. Men virkeligheden er mere kompliceret end Davis Moore har mulighed for at gennemskue, og hans fortvivlede plan får vidtrækkende og uanede konsekvenser.

Skyggespil udspiller sig i en ikke fjern fremtid, hvor kloning og computerspillet Skyggernes verden åbner nye muligheder for at skabe alternative versioner af virkeligheden.