Universitetsbiblioteket i København blev grundlagt i 1482 og havde til opgave at betjene universitetets lærere og studerende. Gennem donationer fra ikke mindst Christian IV og en række adelsmænd blev bogbestanden gradvist udvidet. I 1652 flyttede biblioteket ind i Trinitatis-komplekset i Købmagergade, hvor det forblev i ca. 200 år. Under den omfattende brand, der hærgede København i 1728, gik store dele af Universitetsbiblioteket til grunde. Til gengæld blev flere værdifulde bogsamlinger, bl.a. Otto Thotts og Frederik Rostgaards, erhvervet i løbet af 1700-tallet. I 1861 flyttede Universitetsbiblioteket ind i den nye bygning i Fiolstræde. I 1938 blev Universitetsbiblioteket delt, således at 1. afdeling forblev i Fiolstræde med teologi, humaniora og samfundsvidenskaber, mens 2. afdeling med naturvidenskab og medicin flyttede ud til det nye biblioteksbyggeri på Nørre Allé. I 1989 blev Universitetsbiblioteket i Fiolstræde forenet med Det Kgl. Bibliotek, og de første licensaftaler om e-tidsskrifter blev indgået i 1996. I 2005-2006 blev resten af Universitetsbiblioteket, Danmarks Natur- og Lægevidenskabelige Bibliotek, fusioneret med Det Kgl. Bibliotek.