Efter 14 dages total isolation får de eksklusiv adgang til nogle af de centrale scener fra epidemiens allerførste dage: Huanan Wet Market, som har været forseglet, siden mange af de tidligste tilfælde blev opdaget her, det berømte og blandt konspirationsteoretikere berygtede Wuhan Institute of Virology samt flere af de hospitaler, hvor de første patienter blev indlagt. Eksperterne taler med de læger og sygeplejersker, som behandlede de første Covid-19-patienter og slog alarm, og de møder Patient 0.

Det er deres opgave at spole filmen så langt tilbage som muligt for at nærme sig det øjeblik, hvor det første menneske blev smittet med SARS-CoV-2. Men storpolitiske interesser risikerer at forstyrre det videnskabelige fokus for missionen.
Virusdetektiven er Thea Kølsen Fischers egen insiderberetning om at forfølge sporene fra det smitteudbrud, der førte til vor tids største globale krise.