I 1864 havde Danmark tabt Slesvig og Sønderjylland til Tyskland. En svimlende stor del af Danmark, hele landet op til Kongeåen kom under tysk styre.

I København lod man mere eller mindre som ingenting. 

I 1888 forbød man det danske sprog i skoler og kirker. Så startede nationalitetskampen – for alvor. Med H.P. Hanssen som de moderates leder, og Jens Jessen der som redaktør for Flensborg Avis kæmpede for at Flensborg også efter en senere folkeafstemning kunne genforenes med Danmark.  

Jens og Marie er ikke blot en dokumentarisk roman, der skildrer Jens og Maries kærlighed, samliv –  og deres kamp for en genforening. Linda Lassen formår samtidig overbevisende at skildre et amputeret Danmark i brydningsårene. De indenrigspolitiske forviklinger, Christiansborgs Brand,  Hørup og Brandes der tilslutter sig Det radikale  Venstre, modens luner og dagliglivet i København. Mens hovedstadens intellektuelle borgerskab diskuterer lilleputstatens problemer og i realiteten vender ryggen til  de nationale realiteter, fængsles Jens Jessen gang på gang for sin kamp for Danmark. Og efter Jens’ død viderefører Marie den fælles kamp.