historien om familiens skæbne gennem flere generationer: En af hendes brødre er som spæd blevet stjålet af en israelsk officer, som giver ham til sin barnløse hustru, og han vokser op som israeler. En anden bror ofrer alt for den palæstinensiske sag og kommer en dag til stå ansigt til ansigt med sin egen bror, som nu er hans fjende. Amals egen barndom i flygtningelejren er dybt præget af den stadige usikkerhed, volden og angrebene. Morgen i Jenin er en gribende familiesaga med den evigt aktuelle israelsk-palæstinensiske konflikt i centrum.