I en dramatisk fortælling optrevler Pulitzerpris-vinder Joby Warrick, hvordan den militante gruppe bag Islamisk Stat (IS) opstod i et fjernt jordansk fængsel og blev til den største ekstremistiske trussel mod verden i dag. Den jordanske regering gav i 1999 amnesti til en gruppe politiske fanger. Blandt dem var Abu Musab al-Zarqawi, den fremtidige arkitekt bag en islamisk bevægelse opsat på at erobre Mellemøsten. Joby Warrick viser, hvordan en enkelt mands ildhu sammen med strategiske misforståelser foretaget af vestlige regeringer førte til, at IS’ sorte flag blev hejst over store dele af Syrien og Irak. Ved at trække på højtstående efterretningskilder fra hele verden væver Warrick gribende detaljer fra konkrete operationer sammen med udtalelser fra diplomater, spioner, generaler og statsoverhoveder. Mange af dem forudså faktisk, at en trussel værre end al-Qaeda var på vej, og prøvede desperat at standse den. SORT FLAG er den ultimative historie om, hvordan IS blev født, fortalt gennem nøglepersoner og centrale begivenheder.